Durant Junction City les troupes US détruisirent environ 5000 complexes d'installations ennemis, récupérèrent 850 tonnes de nourriture et environ 500 000 pages de documents divers et la 9th Division VC fut fortement touchée.
Ayant stationné dans la zone de guerre C pendant presque deux mois elles avaient forcé le COSVN à relocaliser une partie de ses activités plus loin de la zone et de sa population. L'approche de la saison des moussons et le retrait d'une partie des effectifs (notamment la 196th) allaient limiter les capacités US à retourner dans la zone plus tard mais le positionnement des plusieurs camps de Special Forces dans les environs (Prek Klok, Tong Le Chon, Trai Bi, Katum, Minh Tranh et Suoi Da) permit au MACV de maintenir une présence US et de pratiquer des missions d'interdiction en récoltant des renseignements tactiques.
Du côté du COSVN certains officiers ayant désertés révélèrent que pour les communistes Junction City était considéré comme un échec et que plusieurs cadres et officiers politiques avaient été remerciés ensuite, tandis que la 9ème Division se retirait du sud Vietnam pour se reconstruire au Cambodge.
Du côté américain également Junction City n'était pas considérée comme une victoire, en effet même si la 9ème Division avait été touchée sévèrement, chaque engagement avait été à l'initiative du VC. De plus même si 40% des installations ennemies avaient été découvertes dans un rayon de 500 mètres des zones spécifiées par les renseignements US, la proximité avec le Cambodge et le terrain truffé de tunnels avait permis au COSVN de s'enfuir.
Le commandement ennemi retint les leçons de Junction City. Touché par la puissance de feu américaine à Suoi Tre, Bau Bang et Ap Gu, le COSVN demanda à ses unités d'éviter les 6 mois suivants les engagements de grand ampleur et de cibler des objectifs pouvant être gagnés avec des petites unités. Dans la pratique les attaques de type "hit and run", des frappes sans engagement de troupes et avec retrait immédiat, caractérisèrent les actions menées durant la saison des pluies. Les plupart des attaques le furent finalement sur des cibles importantes, des installations US d'ampleur via des actions ciblées de tirs de mortiers, sabotage par les sapeurs... Le haut commandement ennemi engagea un effort particulier dans les actions d'interdictions contre les convois de véhicules alliés en minant les routes, lançant des embuscades spécifiques, mais les actions de grande ampleur contre les positions américaines fortifiées furent généralement suspendues.
Le retour de l'ennemi à cette configuration, bien que frustrant pour les soldats américains, était au final un signe positif. Dans ce cadre les forces alliées elles-mêmes s'exposant à moins de risque, pouvaient opérer en plus petites unités et donc couvrir une plus grande partie du territoire vietnamien, action essentielle pour la pacification. Et c'est exactement ce qui commença à se produire, malgré l'augmentation des effectifs des forces américaines engagées, le commandement US de la III CTZ conduisit 40% d'opérations de grande ampleur en moins (minimum de la taille d'un bataillon) sur 1967 par rapport à 1966. Dans le même temps les opérations impliquant des plus petites unités furent augmentées de 25% sur la même période reflétant une volonté et une capacité des américains à opérer plus petit et dispersé.
Même si le commandement US devait rester en alerte face à une éventuelle attaque ennemie de grande ampleur, le changement de tactique ennemie et la difficulté d'amener le COSVN sur le terrain lors de Junction City ouvrit la porte à une plus large implication US dans la sécurité en milieu rural. En fait en 1967, Westmorland dédia même une proportion croissante de ses forces dans la III CTZ à la sécurité de la population dans les provinces les plus proches de Saigon.
Pertes Chiffrées :
VC/ANV : 2728 KIA
US : 282 KIA, 1576 WIA